Минфин России в письме от 10.08.2012 № 03-07-11/284 рассказал о нумерации счетов-фактур на аванс.

Порядковые номера счёта-фактуры и корректировочного счёта-фактуры присваиваются в общем хронологическом порядке (пп. "а" п. 1 Правил заполнения корректировочного счёта-фактуры, утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). В постановлении отдельная нумерация счетов-фактур на авансы не предусмотрена.

Налоговые органы допускают наличие в счетах-фактурах дополнительных сведений (письмо ФНС России от 12.03.2012 № ЕД-4-3/4061@ и письмо Минфина России от 09.02.2012 № 03-07-15/17). В частности, номер, присвоенный в хронологическом порядке, может дополняться буквенным обозначением, например, буквой "А" для авансовых счетов-фактур.

В налоговом законодательстве ответственности за нарушение порядка нумерации счетов-фактур не предусмотрено, а НДС может быть принят к вычету согласно п. 2 ст. 169 НК.